Class CodonChangeSnp


  • public class CodonChangeSnp
    extends CodonChange
    Calculate codon changes produced by a SNP
    Author:
    pcingola
    • Method Detail

      • codonChange

        protected boolean codonChange​(Exon exon)
        Analyze SNPs in this transcript. Add changeEffect to 'changeEffect'
        Overrides:
        codonChange in class CodonChange
      • codonsAlt

        protected java.lang.String codonsAlt()
        Get new (modified) codons
        Overrides:
        codonsAlt in class CodonChange
      • codonsRef

        protected java.lang.String codonsRef()
        Get original codons in CDS
        Overrides:
        codonsRef in class CodonChange