Class DistanceResult


  • public class DistanceResult
    extends java.lang.Object
    • Field Detail

      • debug

        public static boolean debug
      • pdbId

        public java.lang.String pdbId
      • pdbChainId1

        public java.lang.String pdbChainId1
      • pdbChainId2

        public java.lang.String pdbChainId2
      • aaPos1

        public int aaPos1
      • aaPos2

        public int aaPos2
      • aa1

        public char aa1
      • aa2

        public char aa2
      • distance

        public double distance
      • trId1

        public java.lang.String trId1
      • trId2

        public java.lang.String trId2
      • chr1

        public java.lang.String chr1
      • chr2

        public java.lang.String chr2
      • pos1

        public int pos1
      • pos2

        public int pos2
    • Constructor Detail

      • DistanceResult

        public DistanceResult()
      • DistanceResult

        public DistanceResult​(org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa1,
                              org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa2,
                              Transcript tr1,
                              Transcript tr2,
                              double distance)
      • DistanceResult

        public DistanceResult​(java.lang.String line)
    • Method Detail

      • compareByPos

        public int compareByPos​(DistanceResult d)
        Compare by genomic position
      • equalPos

        public boolean equalPos​(DistanceResult d)
        Same genomic positions
      • getId

        public java.lang.String getId()
      • hasValidCoords

        public boolean hasValidCoords()
      • setAa1

        public void setAa1​(org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa)
      • setAa2

        public void setAa2​(org.biojava.nbio.structure.AminoAcid aa)
      • toString

        public java.lang.String toString()
        Overrides:
        toString in class java.lang.Object
      • toStringPos

        public java.lang.String toStringPos()
        Show genomic positions only