Class PDBCoordEntryFile


  • public class PDBCoordEntryFile
    extends java.lang.Object
    PDBCoordEntryFile

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    • Constructor Detail

      • PDBCoordEntryFile

        public PDBCoordEntryFile()
    • Method Detail

      • getClassification

        public java.lang.String getClassification()
      • setClassification

        public void setClassification​(java.lang.String classification)
      • getID

        public java.lang.String getID()
      • setID

        public void setID​(java.lang.String pdbID)
      • getDateDeposition

        public java.util.Date getDateDeposition()
      • setDateDeposition

        public void setDateDeposition​(java.util.Date dateDeposition)
      • getTitle

        public java.lang.String getTitle()
      • setTitle

        public void setTitle​(java.lang.String title)
      • getProtAtomRecords

        public java.util.List<AtomRecord> getProtAtomRecords()
      • setProtAtomRecords

        public void setProtAtomRecords​(java.util.List<AtomRecord> protAtomRecords)
      • getHetAtomRecords

        public java.util.List<AtomRecord> getHetAtomRecords()
      • setHetAtomRecords

        public void setHetAtomRecords​(java.util.List<AtomRecord> hetAtomRecords)
      • getObsolete

        public java.lang.String getObsolete()
      • setObsolete

        public void setObsolete​(java.lang.String obsolete)
      • getSplit

        public java.lang.String getSplit()
      • setSplit

        public void setSplit​(java.lang.String split)
      • getCaveat

        public java.lang.String getCaveat()
      • setCaveat

        public void setCaveat​(java.lang.String caveat)
      • getCompound

        public java.lang.String getCompound()
      • setCompound

        public void setCompound​(java.lang.String compound)
      • getSource

        public java.lang.String getSource()
      • setSource

        public void setSource​(java.lang.String source)
      • getKeywords

        public java.lang.String getKeywords()
      • setKeywords

        public void setKeywords​(java.lang.String keywords)
      • getExpdata

        public java.lang.String getExpdata()
      • setExpdata

        public void setExpdata​(java.lang.String expdata)
      • getNummdl

        public java.lang.String getNummdl()
      • setNummdl

        public void setNummdl​(java.lang.String nummdl)
      • getMdltyp

        public java.lang.String getMdltyp()
      • setMdltyp

        public void setMdltyp​(java.lang.String mdltyp)
      • getAuthor

        public java.lang.String getAuthor()
      • setAuthor

        public void setAuthor​(java.lang.String author)
      • getRevdat

        public java.util.List<java.lang.String> getRevdat()
      • setRevdat

        public void setRevdat​(java.util.List<java.lang.String> liRevdat)
      • getSprsde

        public java.lang.String getSprsde()
      • setSprsde

        public void setSprsde​(java.lang.String sprsde)
      • getJrnl

        public java.util.List<java.lang.String> getJrnl()
      • setJrnl

        public void setJrnl​(java.util.List<java.lang.String> jrnl)
      • getRemark0

        public java.lang.String getRemark0()
      • getRemark1

        public java.lang.String getRemark1()
      • getRemark2

        public java.lang.String getRemark2()
      • getRemark3

        public java.lang.String getRemark3()
      • setRemarks

        public void setRemarks​(java.util.HashMap<java.lang.Integer,​java.lang.String> hmNo_Remark)
      • getRemark

        public java.lang.String getRemark​(int n)
      • getRemarks

        public java.util.List<java.lang.Integer> getRemarks()
      • getDBRef

        public java.util.List<java.lang.String> getDBRef()
      • setDBRef

        public void setDBRef​(java.util.List<java.lang.String> liDBRef)
      • getDBRef1DBRef2

        public java.util.List<java.lang.String> getDBRef1DBRef2()
      • setDBRef1DBRef2

        public void setDBRef1DBRef2​(java.util.List<java.lang.String> liDBRef1DBRef2)
      • getSEQADV

        public java.util.List<java.lang.String> getSEQADV()
      • setSEQADV

        public void setSEQADV​(java.util.List<java.lang.String> liSEQADV)
      • getSEQRES

        public java.util.List<java.lang.String> getSEQRES()
      • setSEQRES

        public void setSEQRES​(java.util.List<java.lang.String> liSEQRES)
      • getModRes

        public java.util.List<java.lang.String> getModRes()
      • setModRes

        public void setModRes​(java.util.List<java.lang.String> liModRes)
      • getHet

        public java.util.List<java.lang.String> getHet()
      • setHet

        public void setHet​(java.util.List<java.lang.String> liHet)
      • getHmId_Name

        public java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> getHmId_Name()
      • setHmId_Name

        public void setHmId_Name​(java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> hmId_Name)
      • getNameIDs

        public java.util.List<java.lang.String> getNameIDs()
      • getName

        public java.lang.String getName​(java.lang.String nameId)
      • setHmId_Synonyms

        public void setHmId_Synonyms​(java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> hm)
      • getSynonymIDs

        public java.util.List<java.lang.String> getSynonymIDs()
      • getSynonyms

        public java.lang.String getSynonyms​(java.lang.String synonymId)
      • setHmId_Formula

        public void setHmId_Formula​(java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> hm)
      • getFormulaIDs

        public java.util.List<java.lang.String> getFormulaIDs()
      • getFormula

        public java.lang.String getFormula​(java.lang.String formulaId)
      • getHelix

        public java.util.List<java.lang.String> getHelix()
      • setHelix

        public void setHelix​(java.util.List<java.lang.String> liHelix)
      • getSheet

        public java.util.List<java.lang.String> getSheet()
      • setSheet

        public void setSheet​(java.util.List<java.lang.String> liSheet)
      • getSSBond

        public java.util.List<java.lang.String> getSSBond()
      • setSSBond

        public void setSSBond​(java.util.List<java.lang.String> liSSBond)
      • getLink

        public java.util.List<java.lang.String> getLink()
      • setLink

        public void setLink​(java.util.List<java.lang.String> liLink)
      • getCisPep

        public java.util.List<java.lang.String> getCisPep()
      • setCisPep

        public void setCisPep​(java.util.List<java.lang.String> liCisPep)
      • setHmId_Site

        public void setHmId_Site​(java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> hm)
      • getSiteIDs

        public java.util.List<java.lang.String> getSiteIDs()
      • getSite

        public java.lang.String getSite​(java.lang.String id)
      • getCryst1

        public java.lang.String getCryst1()
      • setCryst1

        public void setCryst1​(java.lang.String cryst1)
      • getOrigX1

        public java.lang.String getOrigX1()
      • setOrigX1

        public void setOrigX1​(java.lang.String origX1)
      • getOrigX2

        public java.lang.String getOrigX2()
      • setOrigX2

        public void setOrigX2​(java.lang.String origX2)
      • getOrigX3

        public java.lang.String getOrigX3()
      • setOrigX3

        public void setOrigX3​(java.lang.String origX3)
      • getScale1

        public java.lang.String getScale1()
      • setScale1

        public void setScale1​(java.lang.String scale1)
      • getScale2

        public java.lang.String getScale2()
      • setScale2

        public void setScale2​(java.lang.String scale2)
      • getScale3

        public java.lang.String getScale3()
      • setScale3

        public void setScale3​(java.lang.String scale3)
      • getMtrix1

        public java.util.List<java.lang.String> getMtrix1()
      • setMtrix1

        public void setMtrix1​(java.util.List<java.lang.String> liMtrix1)
      • getMtrix2

        public java.util.List<java.lang.String> getMtrix2()
      • setMtrix2

        public void setMtrix2​(java.util.List<java.lang.String> liMtrix2)
      • getMtrix3

        public java.util.List<java.lang.String> getMtrix3()
      • setMtrix3

        public void setMtrix3​(java.util.List<java.lang.String> liMtrix3)
      • getLiConnect

        public java.util.List<int[]> getLiConnect()
      • setLiConnect

        public void setLiConnect​(java.util.List<int[]> liConnect)
      • getMaster

        public java.lang.String getMaster()
      • setMaster

        public void setMaster​(java.lang.String master)
      • isEnd

        public boolean isEnd()
      • setEnd

        public void setEnd​(boolean end)
      • extractMols

        public java.util.Map<java.lang.String,​java.util.List<Molecule3D>> extractMols()
      • toString

        public java.lang.String toString()
        Overrides:
        toString in class java.lang.Object