Class InventorFragment


  • public class InventorFragment
    extends java.lang.Object
    • Field Detail

      • mGlobalAtom

        protected int[] mGlobalAtom
      • mGlobalBond

        protected int[] mGlobalBond
      • mGlobalToLocalAtom

        protected int[] mGlobalToLocalAtom
      • mPriority

        protected int[] mPriority
      • mAtomX

        protected double[] mAtomX
      • mAtomY

        protected double[] mAtomY
      • mKeepMarkedAtoms

        protected boolean mKeepMarkedAtoms
    • Constructor Detail

      • InventorFragment

        protected InventorFragment​(StereoMolecule mol,
                                   int atoms,
                                   boolean keepMarkedAtoms)
    • Method Detail

      • size

        protected int size()
      • getAtomX

        protected double getAtomX​(int index)
      • getAtomY

        protected double getAtomY​(int index)
      • getWidth

        protected double getWidth()
      • getHeight

        protected double getHeight()
      • isMember

        protected boolean isMember​(int globalAtom)
      • getGlobalAtom

        protected int getGlobalAtom​(int localAtom)
      • getLocalAtom

        protected int getLocalAtom​(int globalAtom)
      • translate

        protected void translate​(double dx,
                                 double dy)
      • rotate

        protected void rotate​(double x,
                              double y,
                              double angleDif)
      • flip

        protected void flip​(double x,
                            double y,
                            double mirrorAngle)
      • flipOneSide

        protected void flipOneSide​(int bond)
      • getCollisionList

        protected java.util.ArrayList<int[]> getCollisionList()
      • getCollisionPanalty

        protected double getCollisionPanalty()
      • locateBonds

        protected void locateBonds()
      • optimizeAtomCoordinates

        protected void optimizeAtomCoordinates​(int atom)
      • calculatePreferredAttachmentAngle

        protected double calculatePreferredAttachmentAngle​(double x,
                                                           double y,
                                                           int neighbourAtomCount,
                                                           double padding)
        Parameters:
        x -
        y -
        Returns:
        angle