Class PDBCoordEntryFile
- java.lang.Object
-
- com.actelion.research.chem.io.pdb.parser.PDBCoordEntryFile
-
public class PDBCoordEntryFile extends java.lang.Object
PDBCoordEntryFileCopyright: Idorsia Pharmaceuticals Ltd., Inc. All Rights Reserved This software is the proprietary information of Idorsia Pharmaceuticals, Ltd. Use is subject to license terms.
Created by korffmo1 on 20.03.18.
-
-
Constructor Summary
Constructors Constructor Description PDBCoordEntryFile()
-
Method Summary
All Methods Instance Methods Concrete Methods Modifier and Type Method Description java.util.Map<java.lang.String,java.util.List<Molecule3D>>
extractMols()
java.lang.String
getAuthor()
java.lang.String
getCaveat()
java.util.List<java.lang.String>
getCisPep()
java.lang.String
getClassification()
java.lang.String
getCompound()
java.lang.String
getCryst1()
java.util.Date
getDateDeposition()
java.util.List<java.lang.String>
getDBRef()
java.util.List<java.lang.String>
getDBRef1DBRef2()
java.lang.String
getExpdata()
java.lang.String
getFormula(java.lang.String formulaId)
java.util.List<java.lang.String>
getFormulaIDs()
java.util.List<java.lang.String>
getHelix()
java.util.List<java.lang.String>
getHet()
java.util.List<AtomRecord>
getHetAtomRecords()
java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String>
getHmId_Name()
java.lang.String
getID()
java.util.List<java.lang.String>
getJrnl()
java.lang.String
getKeywords()
java.util.List<int[]>
getLiConnect()
java.util.List<java.lang.String>
getLink()
java.lang.String
getMaster()
java.lang.String
getMdltyp()
java.util.List<java.lang.String>
getModRes()
java.util.List<java.lang.String>
getMtrix1()
java.util.List<java.lang.String>
getMtrix2()
java.util.List<java.lang.String>
getMtrix3()
java.lang.String
getName(java.lang.String nameId)
java.util.List<java.lang.String>
getNameIDs()
java.lang.String
getNummdl()
java.lang.String
getObsolete()
java.lang.String
getOrigX1()
java.lang.String
getOrigX2()
java.lang.String
getOrigX3()
java.util.List<AtomRecord>
getProtAtomRecords()
java.lang.String
getRemark(int n)
java.lang.String
getRemark0()
java.lang.String
getRemark1()
java.lang.String
getRemark2()
java.lang.String
getRemark3()
java.util.List<java.lang.Integer>
getRemarks()
java.util.List<java.lang.String>
getRevdat()
java.lang.String
getScale1()
java.lang.String
getScale2()
java.lang.String
getScale3()
java.util.List<java.lang.String>
getSEQADV()
java.util.List<java.lang.String>
getSEQRES()
java.util.List<java.lang.String>
getSheet()
java.lang.String
getSite(java.lang.String id)
java.util.List<java.lang.String>
getSiteIDs()
java.lang.String
getSource()
java.lang.String
getSplit()
java.lang.String
getSprsde()
java.util.List<java.lang.String>
getSSBond()
java.util.List<java.lang.String>
getSynonymIDs()
java.lang.String
getSynonyms(java.lang.String synonymId)
java.lang.String
getTitle()
boolean
isEnd()
void
setAuthor(java.lang.String author)
void
setCaveat(java.lang.String caveat)
void
setCisPep(java.util.List<java.lang.String> liCisPep)
void
setClassification(java.lang.String classification)
void
setCompound(java.lang.String compound)
void
setCryst1(java.lang.String cryst1)
void
setDateDeposition(java.util.Date dateDeposition)
void
setDBRef(java.util.List<java.lang.String> liDBRef)
void
setDBRef1DBRef2(java.util.List<java.lang.String> liDBRef1DBRef2)
void
setEnd(boolean end)
void
setExpdata(java.lang.String expdata)
void
setHelix(java.util.List<java.lang.String> liHelix)
void
setHet(java.util.List<java.lang.String> liHet)
void
setHetAtomRecords(java.util.List<AtomRecord> hetAtomRecords)
void
setHmId_Formula(java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> hm)
void
setHmId_Name(java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> hmId_Name)
void
setHmId_Site(java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> hm)
void
setHmId_Synonyms(java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> hm)
void
setID(java.lang.String pdbID)
void
setJrnl(java.util.List<java.lang.String> jrnl)
void
setKeywords(java.lang.String keywords)
void
setLiConnect(java.util.List<int[]> liConnect)
void
setLink(java.util.List<java.lang.String> liLink)
void
setMaster(java.lang.String master)
void
setMdltyp(java.lang.String mdltyp)
void
setModRes(java.util.List<java.lang.String> liModRes)
void
setMtrix1(java.util.List<java.lang.String> liMtrix1)
void
setMtrix2(java.util.List<java.lang.String> liMtrix2)
void
setMtrix3(java.util.List<java.lang.String> liMtrix3)
void
setNummdl(java.lang.String nummdl)
void
setObsolete(java.lang.String obsolete)
void
setOrigX1(java.lang.String origX1)
void
setOrigX2(java.lang.String origX2)
void
setOrigX3(java.lang.String origX3)
void
setProtAtomRecords(java.util.List<AtomRecord> protAtomRecords)
void
setRemarks(java.util.HashMap<java.lang.Integer,java.lang.String> hmNo_Remark)
void
setRevdat(java.util.List<java.lang.String> liRevdat)
void
setScale1(java.lang.String scale1)
void
setScale2(java.lang.String scale2)
void
setScale3(java.lang.String scale3)
void
setSEQADV(java.util.List<java.lang.String> liSEQADV)
void
setSEQRES(java.util.List<java.lang.String> liSEQRES)
void
setSheet(java.util.List<java.lang.String> liSheet)
void
setSource(java.lang.String source)
void
setSplit(java.lang.String split)
void
setSprsde(java.lang.String sprsde)
void
setSSBond(java.util.List<java.lang.String> liSSBond)
void
setTitle(java.lang.String title)
java.lang.String
toString()
-
-
-
Method Detail
-
getClassification
public java.lang.String getClassification()
-
setClassification
public void setClassification(java.lang.String classification)
-
getID
public java.lang.String getID()
-
setID
public void setID(java.lang.String pdbID)
-
getDateDeposition
public java.util.Date getDateDeposition()
-
setDateDeposition
public void setDateDeposition(java.util.Date dateDeposition)
-
getTitle
public java.lang.String getTitle()
-
setTitle
public void setTitle(java.lang.String title)
-
getProtAtomRecords
public java.util.List<AtomRecord> getProtAtomRecords()
-
setProtAtomRecords
public void setProtAtomRecords(java.util.List<AtomRecord> protAtomRecords)
-
getHetAtomRecords
public java.util.List<AtomRecord> getHetAtomRecords()
-
setHetAtomRecords
public void setHetAtomRecords(java.util.List<AtomRecord> hetAtomRecords)
-
getObsolete
public java.lang.String getObsolete()
-
setObsolete
public void setObsolete(java.lang.String obsolete)
-
getSplit
public java.lang.String getSplit()
-
setSplit
public void setSplit(java.lang.String split)
-
getCaveat
public java.lang.String getCaveat()
-
setCaveat
public void setCaveat(java.lang.String caveat)
-
getCompound
public java.lang.String getCompound()
-
setCompound
public void setCompound(java.lang.String compound)
-
getSource
public java.lang.String getSource()
-
setSource
public void setSource(java.lang.String source)
-
getKeywords
public java.lang.String getKeywords()
-
setKeywords
public void setKeywords(java.lang.String keywords)
-
getExpdata
public java.lang.String getExpdata()
-
setExpdata
public void setExpdata(java.lang.String expdata)
-
getNummdl
public java.lang.String getNummdl()
-
setNummdl
public void setNummdl(java.lang.String nummdl)
-
getMdltyp
public java.lang.String getMdltyp()
-
setMdltyp
public void setMdltyp(java.lang.String mdltyp)
-
getAuthor
public java.lang.String getAuthor()
-
setAuthor
public void setAuthor(java.lang.String author)
-
getRevdat
public java.util.List<java.lang.String> getRevdat()
-
setRevdat
public void setRevdat(java.util.List<java.lang.String> liRevdat)
-
getSprsde
public java.lang.String getSprsde()
-
setSprsde
public void setSprsde(java.lang.String sprsde)
-
getJrnl
public java.util.List<java.lang.String> getJrnl()
-
setJrnl
public void setJrnl(java.util.List<java.lang.String> jrnl)
-
getRemark0
public java.lang.String getRemark0()
-
getRemark1
public java.lang.String getRemark1()
-
getRemark2
public java.lang.String getRemark2()
-
getRemark3
public java.lang.String getRemark3()
-
setRemarks
public void setRemarks(java.util.HashMap<java.lang.Integer,java.lang.String> hmNo_Remark)
-
getRemark
public java.lang.String getRemark(int n)
-
getRemarks
public java.util.List<java.lang.Integer> getRemarks()
-
getDBRef
public java.util.List<java.lang.String> getDBRef()
-
setDBRef
public void setDBRef(java.util.List<java.lang.String> liDBRef)
-
getDBRef1DBRef2
public java.util.List<java.lang.String> getDBRef1DBRef2()
-
setDBRef1DBRef2
public void setDBRef1DBRef2(java.util.List<java.lang.String> liDBRef1DBRef2)
-
getSEQADV
public java.util.List<java.lang.String> getSEQADV()
-
setSEQADV
public void setSEQADV(java.util.List<java.lang.String> liSEQADV)
-
getSEQRES
public java.util.List<java.lang.String> getSEQRES()
-
setSEQRES
public void setSEQRES(java.util.List<java.lang.String> liSEQRES)
-
getModRes
public java.util.List<java.lang.String> getModRes()
-
setModRes
public void setModRes(java.util.List<java.lang.String> liModRes)
-
getHet
public java.util.List<java.lang.String> getHet()
-
setHet
public void setHet(java.util.List<java.lang.String> liHet)
-
getHmId_Name
public java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> getHmId_Name()
-
setHmId_Name
public void setHmId_Name(java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> hmId_Name)
-
getNameIDs
public java.util.List<java.lang.String> getNameIDs()
-
getName
public java.lang.String getName(java.lang.String nameId)
-
setHmId_Synonyms
public void setHmId_Synonyms(java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> hm)
-
getSynonymIDs
public java.util.List<java.lang.String> getSynonymIDs()
-
getSynonyms
public java.lang.String getSynonyms(java.lang.String synonymId)
-
setHmId_Formula
public void setHmId_Formula(java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> hm)
-
getFormulaIDs
public java.util.List<java.lang.String> getFormulaIDs()
-
getFormula
public java.lang.String getFormula(java.lang.String formulaId)
-
getHelix
public java.util.List<java.lang.String> getHelix()
-
setHelix
public void setHelix(java.util.List<java.lang.String> liHelix)
-
getSheet
public java.util.List<java.lang.String> getSheet()
-
setSheet
public void setSheet(java.util.List<java.lang.String> liSheet)
-
getSSBond
public java.util.List<java.lang.String> getSSBond()
-
setSSBond
public void setSSBond(java.util.List<java.lang.String> liSSBond)
-
getLink
public java.util.List<java.lang.String> getLink()
-
setLink
public void setLink(java.util.List<java.lang.String> liLink)
-
getCisPep
public java.util.List<java.lang.String> getCisPep()
-
setCisPep
public void setCisPep(java.util.List<java.lang.String> liCisPep)
-
setHmId_Site
public void setHmId_Site(java.util.HashMap<java.lang.String,java.lang.String> hm)
-
getSiteIDs
public java.util.List<java.lang.String> getSiteIDs()
-
getSite
public java.lang.String getSite(java.lang.String id)
-
getCryst1
public java.lang.String getCryst1()
-
setCryst1
public void setCryst1(java.lang.String cryst1)
-
getOrigX1
public java.lang.String getOrigX1()
-
setOrigX1
public void setOrigX1(java.lang.String origX1)
-
getOrigX2
public java.lang.String getOrigX2()
-
setOrigX2
public void setOrigX2(java.lang.String origX2)
-
getOrigX3
public java.lang.String getOrigX3()
-
setOrigX3
public void setOrigX3(java.lang.String origX3)
-
getScale1
public java.lang.String getScale1()
-
setScale1
public void setScale1(java.lang.String scale1)
-
getScale2
public java.lang.String getScale2()
-
setScale2
public void setScale2(java.lang.String scale2)
-
getScale3
public java.lang.String getScale3()
-
setScale3
public void setScale3(java.lang.String scale3)
-
getMtrix1
public java.util.List<java.lang.String> getMtrix1()
-
setMtrix1
public void setMtrix1(java.util.List<java.lang.String> liMtrix1)
-
getMtrix2
public java.util.List<java.lang.String> getMtrix2()
-
setMtrix2
public void setMtrix2(java.util.List<java.lang.String> liMtrix2)
-
getMtrix3
public java.util.List<java.lang.String> getMtrix3()
-
setMtrix3
public void setMtrix3(java.util.List<java.lang.String> liMtrix3)
-
getLiConnect
public java.util.List<int[]> getLiConnect()
-
setLiConnect
public void setLiConnect(java.util.List<int[]> liConnect)
-
getMaster
public java.lang.String getMaster()
-
setMaster
public void setMaster(java.lang.String master)
-
isEnd
public boolean isEnd()
-
setEnd
public void setEnd(boolean end)
-
extractMols
public java.util.Map<java.lang.String,java.util.List<Molecule3D>> extractMols()
-
toString
public java.lang.String toString()
- Overrides:
toString
in classjava.lang.Object
-
-