libStatGen Software  1
Class Index
_ | a | b | c | d | e | f | g | h | i | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w
  _  
FastQFile   LongCounter   PileupHelper   SamValidationErrors   
FastQStatus   LongHash   PosList   SamValidator   
__kstring_t   FileType   LongParamContainer   
  q  
SetParameter   
  a  
FilterTest   LongParameterList   ShiftIndelsTest   
FortranFormat   LongParameters   QuickIndex   SmithWaterman   
Alleles   
  g  
  m  
  r  
SortedChunkList   
AnalyzeClass   StatGenStatus   
  b  
GenericSamInterface   MarkerInfo   Random   String   
GenomeSequence   Matrix   IndexBase::Reference   StringAlias   
BamIndex   genomeSequenceMmapHeader   MD5_CTX   ReferenceSequenceTest   StringArray   
BamIndexFileTest   GenotypeList   MemoryMap   ReusableVector   StringDoubleHash   
BamInterface   glfEntry   MemoryMapArray   ReusableVectorTest   StringHash   
bamRecordStruct   GlfException   MemoryMapArrayHeader   ReusableVectorTestDataType   StringHashBase   
BaseAsciiMap   GlfFile   MemoryMapArrayTest   RunningStat   StringIntHash   
BaseComposition   GlfFileReader   MemoryMapGenericHeader   
  s  
StringIntMap   
BaseCount   GlfFileWriter   MiniDeflate   StringMap   
baseQualityConvertor   glfHandler   MockGenomeSequence   SamCoordOutput   StringParameter   
BaseUtilities   GlfHeader   modify   SamCoordOutputTest   SwitchParameter   
BasicHash   glfIndel   modifyVar   SamFile   
  t  
BGZF   GlfRecord   
  n  
SamFileHeader   
IndexBase::Bin   GlfRefSection   SamFileReader   Tabix   
  c  
GlfStatus   NonOverlapRegionPos   SamFileWriter   TestPileup   
GlobalTestEnvironment   NonOverlapRegions   SamFilter   TestPileupElement   
CharBuffer   GreedyTupleAligner   NonOverlapRegionsTest   SamFlag   TestPosList   
Chromosome   GzipHeader   
  o  
SamHeaderHD   TestValidate   
ChromosomeInfo   
  h  
SamHeaderPG   TestWrite   
Chunk   OptionList   SamHeaderRecord   Timing   
Cigar   HiddenDouble   
  p  
SamHeaderRG   
  u  
CigarHelper   HiddenInteger   SamHeaderSQ   
CigarHelperTest   HiddenString   PackedArrayTest   SamHeaderTag   UncompressedFileType   
Cigar::CigarOperator   HiddenSwitch   PackedRead   SamHelper   UnitTest   
CigarRoller   
  i  
PackedSequenceData   SamInterface   
  v  
CigarRollerTest   PackedVector   SamQuerySeqWithRef   
ColumnExtras   IFILE_Test   Parameter   SamQuerySeqWithRefIter   Vector   
  d  
IndexBase   ParameterList   SamRecord   VectorFunc   
InputFile   Pedigree   SamRecordHelper   
  w  
defaultPileup   IntArray   PedigreeDescription   SamRecordHelperTest   
DoubleParameter   IntHash   PedigreeGlobals   SamRecordPool   Weight   
  e  
IntParameter   PedigreeKey   SamRecordPoolTest   SmithWaterman::weight   
  k  
Person   SamReferenceInfo   
emptyGenericHeader   PhoneHome   SamSingleBaseMatchInfo   
EqualsTest   knetFile_s   Pileup   SamStatistics   
ErrorHandler   
  l  
PileupElement   SamTags   
  f  
PileupElementBaseQual   SamValidationError   
ListParameter   
Family   
_ | a | b | c | d | e | f | g | h | i | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w