Package org.jmol.api

Interface SymmetryInterface

  • All Known Implementing Classes:
    Symmetry

    public interface SymmetryInterface
    • Method Detail

      • addBioMoleculeOperation

        int addBioMoleculeOperation​(javajs.util.M4 mat,
                                    boolean isReverse)
      • addLatticeVectors

        boolean addLatticeVectors​(javajs.util.Lst<float[]> lattvecs)
      • addOp

        java.lang.String addOp​(java.lang.String code,
                               javajs.util.Matrix rs,
                               javajs.util.Matrix vs,
                               javajs.util.Matrix sigma)
      • addSpaceGroupOperation

        int addSpaceGroupOperation​(java.lang.String xyz,
                                   int opId)
      • checkDistance

        boolean checkDistance​(javajs.util.P3 f1,
                              javajs.util.P3 f2,
                              float distance,
                              float dx,
                              int iRange,
                              int jRange,
                              int kRange,
                              javajs.util.P3 ptOffset)
      • checkUnitCell

        boolean checkUnitCell​(SymmetryInterface uc,
                              javajs.util.P3 cell,
                              javajs.util.P3 ptTemp,
                              boolean isAbsolute)
      • createSpaceGroup

        boolean createSpaceGroup​(int desiredSpaceGroupIndex,
                                 java.lang.String name,
                                 java.lang.Object data,
                                 int modDim)
      • fcoord

        java.lang.String fcoord​(javajs.util.T3 p)
      • getCanonicalCopy

        javajs.util.P3[] getCanonicalCopy​(float scale,
                                          boolean withOffset)
      • getCartesianOffset

        javajs.util.P3 getCartesianOffset()
      • getCellRange

        int[] getCellRange()
      • getCoordinatesAreFractional

        boolean getCoordinatesAreFractional()
      • getFractionalOffset

        javajs.util.P3 getFractionalOffset()
      • getLatticeDesignation

        java.lang.Object getLatticeDesignation()
      • getLatticeOp

        int getLatticeOp()
      • getMatrixFromString

        java.lang.String getMatrixFromString​(java.lang.String xyz,
                                             float[] temp,
                                             boolean allowScaling,
                                             int modDim)
      • getMoreInfo

        javajs.util.Lst<java.lang.String> getMoreInfo()
      • getUnitCellParams

        float[] getUnitCellParams()
      • getOperationRsVs

        javajs.util.Matrix getOperationRsVs​(int op)
      • getPointGroupInfo

        java.lang.Object getPointGroupInfo​(int modelIndex,
                                           java.lang.String drawID,
                                           boolean asInfo,
                                           java.lang.String type,
                                           int index,
                                           float scale)
      • getPointGroupName

        java.lang.String getPointGroupName()
      • getSiteMultiplicity

        int getSiteMultiplicity​(javajs.util.P3 a)
      • getSpaceGroup

        java.lang.Object getSpaceGroup()
      • getSpaceGroupInfo

        java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getSpaceGroupInfo​(ModelSet modelSet,
                                                                                 java.lang.String spaceGroup,
                                                                                 int modelIndex,
                                                                                 boolean isFull,
                                                                                 float[] cellParams)
      • getSpaceGroupInfoObj

        java.lang.Object getSpaceGroupInfoObj​(java.lang.String name,
                                              SymmetryInterface cellInfo,
                                              boolean isFull)
      • getSpaceGroupName

        java.lang.String getSpaceGroupName()
      • setSpaceGroupName

        void setSpaceGroupName​(java.lang.String name)
      • getSpaceGroupOperation

        javajs.util.M4 getSpaceGroupOperation​(int i)
      • getSpaceGroupOperationRaw

        javajs.util.M4 getSpaceGroupOperationRaw​(int i)
      • getSpaceGroupOperationCode

        java.lang.String getSpaceGroupOperationCode​(int op)
      • getSpaceGroupOperationCount

        int getSpaceGroupOperationCount()
      • getSpaceGroupXyz

        java.lang.String getSpaceGroupXyz​(int i,
                                          boolean doNormalize)
      • getSymmetryInfoStr

        java.lang.String getSymmetryInfoStr()
      • getSymmetryOperations

        javajs.util.M4[] getSymmetryOperations()
      • getSpinOp

        float getSpinOp​(int op)
      • getUnitCell

        SymmetryInterface getUnitCell​(javajs.util.T3[] points,
                                      boolean setRelative,
                                      java.lang.String name)
      • getUnitCellAsArray

        float[] getUnitCellAsArray​(boolean vectorsOnly)
      • getUnitCellInfo

        java.lang.String getUnitCellInfo()
      • getUnitCellInfoType

        float getUnitCellInfoType​(int infoType)
      • getUnitCellMultiplier

        javajs.util.T3 getUnitCellMultiplier()
      • getUnitCellState

        java.lang.String getUnitCellState()
      • getUnitCellVectors

        javajs.util.P3[] getUnitCellVectors()
      • getUnitCellVerticesNoOffset

        javajs.util.P3[] getUnitCellVerticesNoOffset()
      • getUnitCellInfoMap

        java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getUnitCellInfoMap()
      • haveUnitCell

        boolean haveUnitCell()
      • isBio

        boolean isBio()
      • isSimple

        boolean isSimple()
      • isPolymer

        boolean isPolymer()
      • isSlab

        boolean isSlab()
      • isSupercell

        boolean isSupercell()
      • newSpaceGroupPoint

        void newSpaceGroupPoint​(int i,
                                javajs.util.P3 atom1,
                                javajs.util.P3 atom2,
                                int transX,
                                int transY,
                                int transZ,
                                javajs.util.M4 o)
      • notInCentroid

        javajs.util.BS notInCentroid​(ModelSet modelSet,
                                     javajs.util.BS bsAtoms,
                                     int[] minmax)
      • rotateAxes

        javajs.util.V3[] rotateAxes​(int iop,
                                    javajs.util.V3[] axes,
                                    javajs.util.P3 ptTemp,
                                    javajs.util.M3 mTemp)
      • setFinalOperations

        void setFinalOperations​(java.lang.String name,
                                javajs.util.P3[] atoms,
                                int iAtomFirst,
                                int noSymmetryCount,
                                boolean doNormalize,
                                java.lang.String filterSymop)
      • setLattice

        void setLattice​(int latt)
        set symmetry lattice type using Hall rotations
        Parameters:
        latt - SHELX index or character lattice character P I R F A B C S T or \0
      • setOffset

        void setOffset​(int nnn)
      • setOffsetPt

        void setOffsetPt​(javajs.util.T3 pt)
      • setPointGroup

        SymmetryInterface setPointGroup​(SymmetryInterface pointGroupPrevious,
                                        javajs.util.T3 center,
                                        javajs.util.T3[] atomset,
                                        javajs.util.BS bsAtoms,
                                        boolean haveVibration,
                                        float distanceTolerance,
                                        float linearTolerance,
                                        boolean localEnvOnly)
      • setSpaceGroup

        void setSpaceGroup​(boolean doNormalize)
      • setSymmetryInfo

        SymmetryInterface setSymmetryInfo​(int modelIndex,
                                          java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> modelAuxiliaryInfo,
                                          float[] notionalCell)
      • getSymmetryInfoAtom

        java.lang.Object getSymmetryInfoAtom​(ModelSet ms,
                                             int iatom,
                                             java.lang.String xyz,
                                             int op,
                                             javajs.util.P3 translation,
                                             javajs.util.P3 pt,
                                             javajs.util.P3 pt2,
                                             java.lang.String id,
                                             int type,
                                             float scaleFactor,
                                             int nth,
                                             int options)
        Parameters:
        ms -
        iatom -
        xyz -
        op -
        translation - TODO
        pt -
        pt2 - a second point or an offset
        id -
        type - T.point, T.lattice, or T.draw, T.matrix4f, T.label, T.list, T.info, T.translation, T.axis, T.plane, T.angle, T.center
        scaleFactor -
        nth - TODO
        options - could be T.offset
        Returns:
        a variety of object types
      • setTimeReversal

        void setTimeReversal​(int op,
                             int val)
      • setUnitCell

        void setUnitCell​(float[] params,
                         boolean setRelative)
      • initializeOrientation

        void initializeOrientation​(javajs.util.M3 matUnitCellOrientation)
      • toCartesian

        void toCartesian​(javajs.util.T3 pt,
                         boolean asAbsolute)
      • toFractional

        void toFractional​(javajs.util.T3 pt,
                          boolean asAbsolute)
      • toSupercell

        javajs.util.P3 toSupercell​(javajs.util.P3 fpt)
      • toUnitCell

        void toUnitCell​(javajs.util.T3 pt,
                        javajs.util.T3 offset)
      • unitize

        void unitize​(javajs.util.T3 ptFrac)
      • getV0abc

        javajs.util.T3[] getV0abc​(java.lang.Object def)
      • getQuaternionRotation

        javajs.util.Quat getQuaternionRotation​(java.lang.String abc)
      • getTensor

        Tensor getTensor​(Viewer vwr,
                         float[] anisoBorU)
      • getFractionalOrigin

        javajs.util.T3 getFractionalOrigin()
      • getState

        boolean getState​(javajs.util.SB commands)
      • toFromPrimitive

        boolean toFromPrimitive​(boolean toPrimitive,
                                char type,
                                javajs.util.T3[] oabc,
                                javajs.util.M3 primitiveToCrystal)
      • getLatticeType

        java.lang.String getLatticeType()
      • setLatticeType

        void setLatticeType​(java.lang.String type)
      • getIntTableNumber

        java.lang.String getIntTableNumber()
      • generateCrystalClass

        javajs.util.Lst<javajs.util.P3> generateCrystalClass​(javajs.util.P3 pt0)
      • toFractionalM

        void toFractionalM​(javajs.util.M4 m)
      • calculateCIPChiralityForAtoms

        void calculateCIPChiralityForAtoms​(Viewer vwr,
                                           javajs.util.BS bsAtoms)
      • calculateCIPChiralityForSmiles

        java.lang.String[] calculateCIPChiralityForSmiles​(Viewer vwr,
                                                          java.lang.String smiles)
                                                   throws java.lang.Exception
        Throws:
        java.lang.Exception
      • getConventionalUnitCell

        javajs.util.T3[] getConventionalUnitCell​(java.lang.String latticeType,
                                                 javajs.util.M3 primitiveToCryst)
      • setUnitCell

        void setUnitCell​(Symmetry uc)