Class Dipoles


  • public class Dipoles
    extends Shape
    • Field Detail

      • dipoleCount

        public int dipoleCount
      • dipoles

        public Dipole[] dipoles
      • currentDipole

        private Dipole currentDipole
      • tempDipole

        private Dipole tempDipole
      • startCoord

        private javajs.util.P3 startCoord
      • endCoord

        private javajs.util.P3 endCoord
      • dipoleValue

        private float dipoleValue
      • isUserValue

        private boolean isUserValue
      • isBond

        private boolean isBond
      • iHaveTwoEnds

        private boolean iHaveTwoEnds
      • atomIndex1

        private int atomIndex1
      • atomIndex2

        private int atomIndex2
      • colix

        private short colix
      • calculatedDipole

        private javajs.util.V3 calculatedDipole
      • wildID

        private java.lang.String wildID
      • mad

        private short mad
    • Constructor Detail

      • Dipoles

        public Dipoles()
    • Method Detail

      • initShape

        public void initShape()
        Specified by:
        initShape in class Shape
      • setProperty

        public void setProperty​(java.lang.String propertyName,
                                java.lang.Object value,
                                javajs.util.BS bs)
        Specified by:
        setProperty in class Shape
      • getMolecular

        private void getMolecular​(javajs.util.BS bsMolecule)
      • getAllMolecularDipoles

        private void getAllMolecularDipoles​(javajs.util.BS bsAtoms)
      • setPropertyTok

        private void setPropertyTok​(int tok,
                                    boolean bondOnly,
                                    int iValue,
                                    float fValue)
      • setPropertyFor

        private void setPropertyFor​(int tok,
                                    Dipole dipole,
                                    int iValue,
                                    float fValue)
      • getPropertyData

        public boolean getPropertyData​(java.lang.String property,
                                       java.lang.Object[] data)
        Overrides:
        getPropertyData in class Shape
        Returns:
        true if serviced
      • getProperty

        public java.lang.Object getProperty​(java.lang.String property,
                                            int index)
        Overrides:
        getProperty in class Shape
        Returns:
        true if serviced
      • getBondDipoles

        private void getBondDipoles()
      • isBondDipole

        private boolean isBondDipole​(int i)
      • setColixDipole

        private void setColixDipole​(short colix,
                                    int bondTypeMask,
                                    javajs.util.BS bs)
      • setDipole

        private void setDipole()
      • setDipoleAtoms

        private void setDipoleAtoms​(Atom atom1,
                                    Atom atom2,
                                    float c1,
                                    float c2)
      • getDipoleIndexFor

        private int getDipoleIndexFor​(java.lang.String dipoleInfo,
                                      java.lang.String thisID)
      • isSameAtoms

        private boolean isSameAtoms​(Dipole dipole,
                                    java.lang.String dipoleInfo)
      • getDipoleIndex

        private int getDipoleIndex​(int atomIndex1,
                                   int atomIndex2)
      • deleteDipole

        private void deleteDipole​(Dipole dipole)
      • findDipole

        private Dipole findDipole​(java.lang.String thisID)
      • findAtomDipole

        private Dipole findAtomDipole​(Atom atom1,
                                      Atom atom2,
                                      boolean doAllocate)
      • findBondDipole

        private Dipole findBondDipole​(Bond bond)
      • findDipoleFor

        private Dipole findDipoleFor​(java.lang.String thisID,
                                     java.lang.String dipoleInfo)
      • allocDipole

        private Dipole allocDipole​(java.lang.String thisID,
                                   java.lang.String dipoleInfo)
      • dumpDipoles

        private void dumpDipoles​(java.lang.String msg)
      • clear

        private void clear​(boolean clearBondDipolesOnly)
      • getIndexFromName

        public int getIndexFromName​(java.lang.String thisID)
        Overrides:
        getIndexFromName in class Shape
        Returns:
        index
      • getShapeDetail

        public java.lang.Object getShapeDetail()
        Overrides:
        getShapeDetail in class Shape
      • setModelIndex

        private void setModelIndex()
      • setModelVisibilityFlags

        public void setModelVisibilityFlags​(javajs.util.BS bsModels)
        Overrides:
        setModelVisibilityFlags in class Shape
      • getShapeState

        public java.lang.String getShapeState()
        Specified by:
        getShapeState in class Shape