Die rechte Liste zeigt alle Ligationsprodukte an, die aus den aktuell markierten Sequenzen entstehen können. Dabei werden Poly-Ligationen (z.B. "A-B-A-B-A-B-...") nicht angezeigt. Bei zirkulären Produkten werden beide logische Formen (z.B. "A-B" und "B-A" für die Ligation von A und B) angezeigt. Beide sind der Sequenz nach identisch.
Durch den "Ligieren!"-Button werden alle markierten Produkte aus der rechten Spalte erzeugt. Die Produktnamen werden aus den Ausgangssequenzen zusammengesetzt und bedürfen oft der manuellen Nachbearbeitung. Der Ligationsverlauf wird der Beschreibung der Produkte angefügt.